Il film inizia con le immagini dell’esplosione di Capaci, con il procuratore Piero Grasso che promette di riuscire a prendere gli esecutori dell’attentato. Da qui inizia la storia che racconterà l’ascesa feroce del clan dei Corleonesi e la loro rovinosa caduta. Partendo dalla Corleone del 1948, con le lotte tra i braccianti che si battono per l’assegnazione delle terre dei latifondi incolti, e i rappresentanti del potere mafioso che curano gli interessi dei più importanti possidenti della zona, fra i quali cominciano a muovere i primi passi criminali Luciano Liggio e i giovanissimi Totò Riina e Bernardo Provenzano, il film racconta la storia degli ultimi sessant’anni in Sicilia, seguendo l’ascesa di questa nuova generazione di mafiosi, che si fanno largo nella gerarchia criminale con spietatezza e brutalità, eliminando chiunque cerchi di mettersi sulla loro strada. Si afferma così un gruppo di persone proveniente da famiglie povere e quindi avido di denaro e potere, desideroso di rivalsa nei confronti delle altre famiglie più affermate. Da Corleone Liggio decide di ampliare il suo orizzonte per entrare nei salotti buoni della politica e dell’imprenditoria di Palermo. Ed è lì che, con Bagarella, Riina e Provenzano, incontra esponenti delle famiglie cittadine e comincia a fare affari d’oro con l’edilizia e i lavori pubblici. Quando Liggio viene nuovamente arrestato a Milano, restano sulla scena solo i due vecchi amici Riina e Provenzano. Nel frattempo arriva  a Palermo il Generale Carlo Alberto Dalla Chiesa ma i Corleonesi regolano i conti anche con lui uccidendolo in un tragico agguato dopo solo cento giorni. Dopo la condanna dei boss al maxiprocesso, confermata anche in cassazione, Riina, che è diventato il nuovo Padrino, diventa sempre più feroce, e Provenzano si allontana da lui. Nel 1992, dopo l’omicidio di Salvo Lima e gli attentati di Capaci e di via D’Amelio, Provenzano avverte sempre più la ferocia e la diffidenza di Riina, che nel 1993 viene arrestato. Provenzano prende il potere e decide di cambiare i metodi di Riina: niente più attacco frontale allo Stato, ma affari gestiti nell’ombra con maggior prudenza. Ma nel frattempo intorno a lui il cerchio si stringe, anche perché ormai Provenzano è vecchio, malato e ha nostalgia della moglie e dei figli ai quali continua a far avere sue notizie anche attraverso i “pizzini”. I poliziotti seguono ogni piccolo indizio e dopo mesi di appostamenti, arrivano al casolare in campagna in cui si nasconde. Il boss viene portato nel carcere di Terni, dove incontra il procuratore Piero Grasso, soddisfatto per aver mantenuto la promessa fatta all’inizio del film di consegnare alla giustizia gli assassini dell’amico Falcone. Provenzano è ormai vecchio e sconfitto mentre in un altro carcere Totò Riina, anch’egli condannato all’ergastolo, ripensa al suo amico d’infanzia e al loro fallito progetto comune.